La Chiesa fu voluta nel 1170 dc. dall’Arcivescovo Gualtiero Offamilio (al quale si deve anche la costruzione, qualche anno più tardi, della Cattedrale di Palermo) per farne mausoleo per le spoglie di Santa Cristina provenienti da Bolsena, da dove erano state traslate -si narra- contro il volere degli abitanti del centro lacustre.

La chiesetta venne gestita dai Cistercensi per qualche anno. Al tempo dell’Imperatore Enrico VI di Honenstaufen (1165-1197) entrò tra i beni della Cattedrale. Nel 1570 dc, la Compagnia della Ss. Trinità, detta dei “Rossi” per la cappa di tale colore indossata dai confrati, ne acquisì la disponibilità. Questi si prefiggevano di aiutare i pellegrini diretti in Terra Santa e verso altri luoghi di culto, ai quali offrivano ristoro, riparo e cure, per almeno tre giorni, presso l’attiguo Ospizio (ormai demolito) sorto a questo scopo nel rispetto degli obblighi propri della Confraternita.

I sacri resti della Santa titolare dell’antica chiesa normanna oggi riposano dentro la Cattedrale, come pure quelli di San Mamiliano e delle altre Sante protettrici di Palermo: Santa Rosalia e Santa Ninfa.